Die örtliche Zuständigkeit umfasst den gesamten Dienstbereich des Polizeipräsidiums Schwaben Süd/West. Darüber hinaus führt die GPI Lindau auch auf dem württembergischen Teil der Bundesautobahn A 96 Fahndungskontrollen zur Bekämpfung der grenzüberschreitenden Kriminalität durch. Diese Erweiterung des Zuständigkeitsbereiches ergibt sich aus einem Verwaltungsabkommen zwischen dem Land Baden-Württemberg und dem Freistaat Bayern.