Die Kriminalpolizeiinspektion in Traunstein bearbeitet mittlere und schwere Kriminalität in den Landkreisen Traunstein und Berchtesgadener Land. Die Kriminalpolizeistation Mühldorf ist für die Landkreise Altötting und Mühldorf zuständig. Überörtlich tätig, d.h. für alle vier Landkreise zuständig, ist das Kommissariat 5 (Staatsschutz), das Kommissariat 4 (Organisierte Kriminalität), Kommissariat 8 (Kriminaldauerdienst KDD), das Kommissariat 10 (Grenzbezogene Kriminalität) und das Kommissariat 11 (Cybercrime) der Kriminalpolizeiinspektion Traunstein.

Die Kriminalpolizeistation Mühldorf ist der Kriminalpolizeiinspektion Traunstein nachgeordnet.